A endometriose profunda atinge os órgãos pélvicos infiltrando-os mais que 05 mm de profundidade. A localização mais comum das lesões são no compartimento posterior, ou seja, nos órgãos localizados atrás do útero, como ligamentos, intestino e parte posterior do útero e da vagina. Acredita-se que esta maior prevalência ocorra pela questão anatômica, já que as células endometrióticas provenientes da menstruação retrógrada (sangue que reflui pelas trompas durante a menstruação) irá se depositar nesta região.
Os sintomas não necessariamente são compatíveis com a gravidade ou local da lesão de endometriose.
O septo retovaginal é o espaço localizado entre a vagina e o reto (parte final do intestino). A hipótese é de que as lesões de septo retovaginal ocorram por proximidade, ou seja, lesões de fundo-de-saco, vagina ou reto infiltrem até esta região.
A incidência de lesão no septo retovaginal de acordo com a literatura atinge 12.7%, porém em estudo realizado pelo grupo do Instituto Crispi em 88 pacientes com endometriose profunda verificou apenas 1.4% de pacientes com lesão nesta localização.
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